檢查發酵桶、曝氣管支架、曝氣管、過濾袋、循環管路、發酵外掛桶等部件是否清潔，特別是桶底、桶壁有無沉淀、污染物。
關閉擴增機及外接發酵桶出液口總閥門，分別加入少量清潔水，檢查有無滲漏。
取出連接軟管連接發酵外掛桶回流口與擴增機進液口，擴增機泵流出口與發酵外掛桶自流出液口。
注意：發酵外掛桶出液管任何位置不能高于出液口位置。
將過濾袋固定于支撐網上緣，從三效菌包內取出培養料袋，將培養料分批次倒入潔凈溶解桶（容量10-20升）內，加入3-5倍（以形成流動液體、方便過濾為原則）清潔水，充分攪拌均勻后倒入外接發酵桶（另外一桶三效菌包重復此步操作）。
準備發酵補料，將發酵補料分批次倒入潔凈桶內，加入3-5倍(以形成流動液體、方便過濾為原則)清潔水，充分攪拌均勻后倒入發酵外掛桶。
取出魚蛋白原料，完全加水稀釋，提前浸泡24小時—48小時（魚蛋白原料不完全溶于水，提前浸泡，利于更好的進行發酵）。
將泡好的魚蛋白原料倒入發酵外掛桶過濾袋內。
將80目過濾袋放入擴增機支撐網內，固體菌種直接倒入過濾袋。
將另一桶三效菌包的菌種袋直接倒入80目過濾袋內，系好過濾袋封口后再將過濾袋置入發酵外掛桶支撐網內。
分別向擴增機內加入清潔水至50升刻度線，發酵外掛桶內加入清水至500升刻度線，待水自外接發酵桶回流口流出停止加水。
將過濾袋封口緊固于曝氣管支架頂部，曝氣管插入過濾袋底部。
蓋上發酵外掛桶上蓋，連接供氣管，蓋上擴增機上蓋，連接供氣管，調節供氣管開關。
檢查管路連接，開啟氣泵、加熱器開關，開始擴增48-72小時。
擴增結束后，打開擴增機自流或泵流放液口，打開發酵外掛桶下部自流或泵流放液口，放出菌液。
菌液中可加入水溶性大量元素（NPK），加入總量10-20%。
如菌液用于滴灌，建議出液時，再次用80目過濾網過濾。
清洗擴增機內桶、發酵外掛桶及相關配件；部件恢復原位，備用。
菌液完全放出之后，可先將外接發酵桶內魚蛋白等殘留物取出一部分，剩余部分隨篩網一同取出，如繼續進行發酵，可剩余約20%殘留物，繼續加入新的魚蛋白原料。
應該及時清洗，防止長時間結垢，造成清洗困難。不要用硬質工具清洗發酵桶內部，以免損壞部件，特別是曝氣盤橡膠膜。
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